Los orígenes del perro aún son hipotéticos. Existen algunas teorías: distintos árboles genealógicos intentan realizar el seguimiento de la filiación del más viejo amigo del hombre.
Se sabe que pertenecen a la orden de los carnívoros, grupo de mamíferos cuyos orígenes remontan a épocas muy remotas, hace aproximadamente 55 millones de años.
En esa época aparecieron en América de Norte unos pequeños mamíferos carnívoros, los miácidos, con una morfología más cercana a la de la comadreja que a la del perro.
Hace entre 35 y 25 millones de años los miácidos dieron origen a nueva especie llamada Hesperocyon, considerada el ancestro de la familia de los cánidos.
Hace entre 25 y 10 millones de años antes de nuestra era, las cosas se complican. Al estudiar los fósiles, los paleontólogos consideraron primero al Tomarctus como el ancestro del perro. Hoy en día, prefieren referirse al Leptocyon, nacido hace 18 millones de años.
El más antiguo representante del género Canis, el Canis lepophagus, apareció en América del Norte hace 10 millones de años. Ya poseían una dentadura típicamente canina, miembros hechos para correr y una caja craneal netamente más desarrollada que la de sus ancestros.
El Canis lepophagus habría llegado a Europa por el estrecho de Bering y habría dado origen al Canis cipio, el ancestro del chacal, cuyos restos fueron descubiertos en España, cerca de Teruel, en un sitio arqueológico viejo de 6 millones de años.
El lobo, por su parte, tendría sus origines en el Canis etruscus, que vivía hace dos millones de años.
En cuanto a nuestro Canis familiaris, apareció hace aproximadamente 10 mil años. Queda la duda de si el ancestro del perro es el chacal, el lobo o el coyote. Este último es el descendiente del Canis cipio en América). En general lo que hace la unanimidad es el lobo. Se ha descubierto en efecto recientemente restos de esqueletos de perros muy antiguos en una región en la cual no existían ni chacales ni coyotes, pero donde vivía un lobo de tamaño pequeño, considerado hoy en día como el ancestro de nuestro perro doméstico.